В 2002 кафедра отметила своё 50-летие.
В 2003 году кафедра вместе со всем радиофизическим факультетом отметила 50-летие факультета. В честь 100-летия основателя факультета Владимира Николаевича Кессениха была открыта именная аудитория № 401. В этом же году Шипиловым С.Э. была защищена диссертация кандидата физ.-мат. наук (Руководители Кошелев В.И., Якубов В.П.). После защиты С.Э. Шипилов продолжает работать в ИСЭ СО РАН, а в 2005 году приглашается на кафедру радиофизики в качестве доцента, в настоящее время заместитель заведующего по научной работе. В 2006 году профессором В.П. Якубовым изданы 2 учебных пособия «Электродинамика» и «Статистическая радиофизика», получившие гриф УМО «Физика». В 2006 году доцентом, кандидатом ф.-м.наук Д.В. Лосевым выполнен проект по программе «Молодые кандидаты наук» под названием «Радиофизические технологии безопасности». Под руководством профессора кафедры, чл.-корр. В.Л. Миронова выполнен интеграционный проект с КНЦ СО РАН «Радиоволновое зондирование бореальных лесов Сибири».
В 2007 году сразу 3 аспиранта защищают кандидатские диссертации Д.Я. Суханов, И.В. Антипов (руководитель В.П. Якубов) и С.Н. Новик (руководитель Е.Д. Тельпуховский). Завершена хоздоговорная работа с НПО «Луч» (Новосибирск) по обоснованию применения СШП излучения для навигации рабочих инструментов при горизонтальном бурении. В 2010 году с блеском защищает докторскую диссертацию доцент В.П. Беличенко, и в 2010 становится профессором кафедры.
С 2005 года на кафедре радиофизики практикуется научная работа студентов виде организации научных инкубаторов «Радиотомография лесов» (научный руководитель профессор В.П. Якубов, заказчик КНЦ СО РАН), «ПЛИС-технологии» (н. руководитель О.Г. Пономарев, заказчик стратегический партнер Элекард-Девайсис). Многие студенты кафедры за последние годы отмечены дипломами и грамотами Всероссийских и региональных конкурсов за лучшие научные работы: Д.Я. Суханов, А.В. Клоков, Н.М. Загороднов, Н.А. Костяная, Н.А. Моисеенко, О.В. Якубова, Д.С. Бардашов и др. За успешную организацию работы научной работы студентов Министерством образования РФ профессор Якубов В.П. награжден нагрудным знаком «За развитие научно-исследовательской работы студентов» (2006). С 2008 года молодые сотрудники кафедры начинают активно участвовать в региональном инвестиционном конкурсе "УМНИК", победителями которого в разное время становились 8 человек: А.М. Манаков, Д.Я. Суханов, А.В. Клоков, К.В. Завьялова, М.О. Коноваленко, Р.Н. Сатаров, И.С. Федянин и И.Ю. Кузьменко.
В 2005 году Томский государственный университет включается в выполнение Федеральных целевых программ по приоритетным направления развития и кафедра радиофизики одна из первых в университете выигрывает крупный грант, в выполнении которого под руководством ТГУ участвуют сразу 4 института г. Томска СФТИ, НИИ ПП, ИОА СО РАН и ИСЭ СО РАН. В ТГУ создается новый Научно-образовательный центр «Технологии безопасности» (НОЦ ТБ), который продолжает действовать и в настоящее время. Основное направление исследований комплексное обеспечение безопасности жизнедеятельности человека. Руководитель направления заведующий кафедрой радиофизики профессор В.П. Якубов в 2006 становится повторно Лауреатом Томской области в сфере образования и науки». 2007 году он избирается Академиком РАЕН, а в 2008 году ему присваивается звание «Заслуженный работник высшей школы РФ». В этот период на кафедре радиофизики поставлены новые курсы лекций «Компьютерная электродинамика» и «ПЛИС технологии в радиофизике», которые ведут ст. преподаватель Е.В. Балзовский и доцент О.Г. Пономарев.
Отдельного внимания заслуживает международная деятельность кафедры радиофизики, которая фактически началась с 2002 года. По рекомендации выпускника кафедры 1980 года В.П. Кутова, уехавшего на постоянное место жительство в Германию, профессор В.П. Якубов был приглашен для научной стажировки в Магдебургский университет на 3 месяца. Эта работа была успешно продолжена далее в 2003 и 2005 годах. В 2004-2005 годах в этот же университет при поддержке гранта Президента Российской федерации был приглашен магистрант кафедры Д.Я. Суханов. Тема работы «Подземная радиотомография противопехотных мин» легла в основу его магистерской (2004 год), а затем и кандидатской диссертаций (2007 год). В 2006 году начинаются интенсивные контакты с другим ведущим центром Германии в г. Саарбрюккен Институтом неразрушающих методов контроля (IZFP) им. И. Фраунгофера. Эта работа в последующем (2007-2011) вылилась в 2 хоздоговорные работы первые международные контракты. В эти годы состоялись 3 научные стажировки профессора В.П. Якубова, доцентов Д.Я. Суханова и С.Э. Шипилова в этот институт. Общая тема работы «Радиоволновая томография скрытых объектов». По инициативе профессора В.П. Якубова на кафедре были начаты интенсивные исследования по ультразвуковой локационной томографии. Полученные результаты были доложены и получили одобрение на международном семинаре по системам безопасности в 2008 году в городе Саарбрюккен. В 2010 магистрант А.М. Манаков при поддержке гранта Президента Российской федерации успешно прошел годичное обучение в этом институте и в 2010 году дистанционно, не выезжая из Германии, через интернет (впервые в истории ТГУ) защитил магистерскую диссертацию, после чего был приглашен в докторантуру в Германии. В этом же году ведущий специалист института IZFP (Германия) доктор Р. Пинчук по приглашению ТГУ прочитал на РФФ цикл лекций по использованию ПЛИС технологий в науке и технике. В результате интенсивных исследований силами кафедры радиофизики и сотрудников СФТИ ТГУ для немецкой стороны был изготовлен лабораторный макет многоканальный поляриметрической радиолокационной системы для поиска скрытых объектов и разработано её математическое обеспечение. В 2009 году аспирант кафедры радиофизики А.В. Клоков успешно защищает кандидатскую диссертацию по радиолокационной томографии лесов и в 2010 приглашается для работы в Японии в университете города Сендай, где по контракту он проработал 1,5 года. Доцент А.В. Клоков и профессор В.П. Якубов участвуют в научной археологической экспедиции с использованием геолокатора в г. Нара (Япония). В настоящее время А.В. Клоков доцент кафедры радиофизики. Это было начало ориентации международного научного сотрудничества кафедры радиофизики на восток. В 2011 году в университет Тохоку был приглашен профессор В.П. Якубов, а конце 2011 года в рамках программы развития Национального исследовательского Томского государственного университета в Томск был приглашен с циклом лекций известный японский профессор-доктор М. Сато директор Центра исследований Северо-Восточной Азии университета Тохоку, Сендай. Более 30 сотрудников РФФ прослушали эти лекции и получили соответствующие сертификаты.
В 2009 году в московском издательстве ЛЕНАНД выходит учебник «Распространение радиоволн» (496 с), в числе соавторов которого находится профессор В.П. Якубов. В последующем учебнику присваивается гриф УМО «Физика». В 2010 году профессора В.П. Якубов, В.П. Беличенко, В.В. Фисанов также под грифом УМО «Физика» издают учебное пособие «Основы электродинамики и его взаимодействия с веществом» (296 с.), где впервые с единых позиций проводится анализ возникновения СШП излучения, его взаимодействия со средами и рассматривается физика метаматериалов. С 2010 года на кафедре радиофизики начала подготовка по новой для России магистерской программе «Радиоволновая томография». На конкурсной основе в рамках программы развития Национального исследовательского Томского государственного университета с целью реализации этой магистерской программы приобретается современное измерительное оборудование. Готовится учебно-научная лаборатория «Радиоволновая томография». В 2010-2011 годах на заслуженный отдых ушли профессор Е.Д. Тельпуховский и ст. преподаватель В.Н. Пономарева, а на кафедру пришли молодые преподаватели: в качестве доцента кандидат ф.-м. наук А.В. Клоков, в качестве ст. преподавателя Е.В. Балзовский и в качестве ассистента Д.С. Бардашов.
В 2011 году сотрудники кафедры участвуют в международных выставках «ИНТЕРПОЛИТЕХ-1011», «Евразия-2011», где получены 3 Золотые медали, а также в региональной выставке «Безопасность и антитеррор», где получены 2 медали «Сибирские Афины». Многие наши выпускники достигли значительных успехов и продолжают активно работать как в России и за её пределами. В настоящее время кафедра радиофизики продолжает активно участвовать в научных и хоздоговорных работах различного уровня, готовится к своему 60-летию и уверено смотрит в будущее.
В декабре 2012 года аспирант кафедры Иван Сергеевич Федянин защитил кандидатскую диссертацию на тему: "Локационное радиовидение с контролируемым сканированием".
